Det ser ut att finnas flera sätt att få GDB och Eclipse att fungera med AVR.
Efter att jag beställt en Atmel-ICE konstaterade jag att den inte är så enkel att få fungerande i linux. Efter lite letande så hittade jag denna sida som beskriver att senaste SVN av avarice fungerar med firmware 3.x (och Atmel-ICE).
Det finns även en AVR-GDB som jag inte tittat på ännu.